Скорее всего, будет лучше, особенно если использовать плиту для глубокого фрезерования - она плотнее, и плотность в ней равномерно распределена. В отличие от фанеры, которая имеет слоистую структуру (эта слоистость на торцах и видна), МДФ однородная по всей толщине, и поэтому торца обрабатывать так же легко, как и плоскость.