Можно ли профрезеровать толстую МДФ с торца? Если можно, то на какую глубину, чтобы она не треснула?

Теоретически лист МДФ можно профрезеровать с торца насквозь, но для этого понадобится довольно специфический фрезер и специфическая фреза. С какой стороны она фрезеруется, не играет роли, структура  МДФ однородна во всех направлениях, это не фанера. Главное, чтобы оставшаяся после фрезерования толщина стенок была достаточной для сохранения прочности.